A fertőtlenítőszerek elpusztítják a medence vizében jelenlevő mikroorganizmusokat, mint a baktériumok, algák, gombák, vírusok. Néhány fajtája a vízben terjedve betegséget vagy fertőzést okozhat. Elszaporodásuk esetén a medence vize zavarossá változhat. Fertőtlenítésre leggyakrabban a klór vegyületeit használjuk. Az ideális szabadklór-tartalom (angolul: free chlorine - FC) literenként 0,6-1,0 mg. Kisgyermekek, illetve klórral szembeni érzékenység esetén klórmentes, oxigénes fertőtlenítő szerek használhatóak, vagy alternatív vízkezelő eljárásként sóbontó, ózonos, illetve UV sugaras berendezések is használhatóak.